Program Studi S1 Matematika berdiri pada 1982 bersamaan dengan tiga program studi S1 yang lain, Kimia, Fisika dan Biologi dengan nama Jurusan Matematika yang berada di bawah naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Airlangga. Sebelumnya dosen dari keempat jurusan ini diwadahi dalam Basic Natural Science (BNS) yang merupakan bagian dari Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga. Pembentukan Program Studi Matematika didasarkan atas SK Dirjen Dikti, No. 117/DIKTI/Kep/1984. Pada tahn 2008, Jurusan Matematika berubah nama menjadi Departemen Matematika.
Pada saat ini Departemen Matematika menaungi tiga prodi S1, yaitu Matematika, Sistem Informasi dan Statistika. Pada tahun 2016, Prodi S1 Matematika telah mendapatkan akreditasi A berdasarkan SK. Ketua BAN No: 1059/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2016. Saat ini ada empat Kelompok Keahlian (KK) di bawah koordinasi Prodi S1 matematika, yaitu Analisis, Aljabar, Riset Operasi dan Komputasi (ROK) dan Pemodelan Sistem (PS). Kelompok keahlian ini untuk membimbing mahasiswa dalam pengambilan mata kuliah sebagai prasarat untuk pengambilan Tugas Akhir. Berkaitan dengan hal ini dua KK terakhir, yaitu ROK dan PS baru diberlakukan untuk angkatan 2011, sedangkan untuk angkatan sebelumnya kedua KK ini masih tergabung menjadi satu dengan nama KK Matematika Terapan.